㈠ R可視化——Mantel test分析及可視化
在探討數據科學與生物信息學的交匯點時，我們經常需要評估兩個不同維度數據集間的關聯程度。其中，Mantel test分析是一種統計方法，用於衡量兩個矩陣間的一致性，這在生態學、微生物學等領域尤為重要。接下來，我們將利用R語言來展示如何進行Mantel test分析與可視化過程，旨在深入了解兩個矩陣間的關聯性。
首先，准備工作包括設置工作目錄與載入R包。在R環境中，使用`setwd()`函數設置工作目錄，確保後續文件操作的准確性。隨後，通過`install.packages()`和`library()`函數安裝並載入相關R包，如`vegan`，這是進行Mantel test分析的強大工具。
在載入數據後，我們進入Mantel test分析的核心部分。第一步是計算OTU（Operational Taxonomic Unit）與環境因子之間的Mantel test r值與p值，這有助於我們了解OTU的多樣性和環境因素間是否存在顯著關聯。通過`mantel()`函數執行分析，它將輸出r值和p值，幫助我們判斷關聯程度是否具有統計學意義。
為便於理解分析結果，我們進行繪圖操作。使用`vegan`包提供的繪圖函數，將Mantel test的統計結果以直觀的圖表形式展示，從而更直觀地展示兩個矩陣間的相關性。
### 參考資源：
1. [知乎專欄文章](https://zhuanlan.hu.com/p/50...)
2. [知乎專欄文章](https://zhuanlan.hu.com/p/11...)
### 數據獲取：
如果您希望獲取源代碼及用於作圖的數據，歡迎在公眾號後台回復「mantel test」，獲取詳細資料。