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linux科研軟體

發布時間:2025-09-18 18:56:38

1. 從0到1教你如何在Linux系統部署VASP,親測有效

VASP全稱為Vienna Ab-initio Simulation Package,是Hafner小組在維也納大學開發的電子結構計算和量子力學-分子動力學模擬軟體包。VASP是當前主流的第一性原理計算軟體,以贗勢和平面波基函數為基礎,適用於計算周期性結構材料的結構參數、力學性質、電子結構、光學磁學性質等,也可進行從頭算分子動力學模擬等計算。近年來,引用量高達800+。

多數科研機構與學校通過購買線上超算資源使用VASP進行計算,但對於常使用Windows系統的初學者,部署和使用軟體可能不太友好。本指南將詳細闡述在Linux系統中部署VASP的基本方法。後續計劃持續發布計算軟體相關教程以及Linux系統下使用科學計算軟體的常見實踐,歡迎對此感興趣的讀者關注公眾號《集群計算技術》以獲取最新內容。

首先,安裝編譯環境Intel oneAPI。訪問intel.cn官網,下載安裝包含Base Toolkit和HPC Toolkit的工具包。選擇對應系統版本後,執行安裝腳本。推薦先安裝Base Toolkit,再安裝HPC Toolkit,如無需自定義配置,則遵循默認選項。安裝後,路徑默認在/opt/intel/oneapi/xxx。

接著,檢查必要的編譯環境。

安裝部署VASP。載入編譯依賴環境,解壓VASP源碼包,進入主目錄。准備makefile.include文件(根據系統和編譯需求調整對應的編譯配置文件),並修改編譯選項。使用intel-oneAPI編譯器+MKL數學庫+intelmpi實現MPI+openmp支持多線程,特別注意注釋部分的內容。並行編譯gam、std、ncl三個版本。對於非Intel平台,可優化和注意以下事項。完成編譯後,生成的可執行文件位於特定目錄。

參考以下資源:

1. vasp.at/wiki/index.php/...

2. intel.cn/content/www/cn...

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