A. python版本的inferCNVpy的使用指南
InferCNVpy的使用指南如下：
一、安裝與環境配置
- Python版本要求：確保你的系統安裝了Python 3.8或更新版本。推薦使用Miniconda進行安裝和管理。
- 安裝InferCNVpy：可以從PyPI獲取最新穩定版進行安裝，或者選擇安裝開發版本。
二、數據准備
- 數據格式：需要annodata對象，這通常來源於mtx文件。
- 基因位置信息：提供每個基因的染色體位置信息，包括基因所在的染色體、起始和結束位置。這些信息可以存儲在如gene_infor.csv的文件中。
三、主要分析步驟
- 使用分析函數：主要使用.tl.infercnv函數進行處理。
- 關鍵參數：
- reference_cat：用於CNV參考的細胞群，需根據具體實驗設計選擇合適的參考細胞類型。
- window_size：演算法會根據這個參數對基因進行排序比較，默認值為100，但可能需要根據數據集基因數量進行調整。
- reference_key：指定在adata.obs中存儲參考細胞類型信息的列名。
四、結果存儲與可視化
- 結果存儲：分析結果會存儲在adata.obsm[“X_cnv”]和adata.obs[“cnv_score”]中。
- 可視化：通過cnv_score進行可視化，可以幫助辨識出惡性細胞群或其他感興趣的細胞亞群。
請注意，InferCNVpy仍處於實驗階段，其結果可能未經充分驗證，與InferCNV的結果存在差異，但通常顯示出相似的趨勢。在使用時請謹慎評估結果的可靠性。