A. lammps學習記錄：1.安裝
LAMPS是一個廣泛使用的分子動力學軟體，專門設計用於模擬粒子集合，包括液態、固態和氣態，以及各種物質類型，如原子、聚合物、生物、金屬、陶瓷等。LAMPS能夠處理從簡單粒子到大規模系統的模型，最多可達數百萬或數十億個粒子。
為了安裝LAMPS，首選方法是通過官方文檔獲取詳細信息。使用wget命令進行下載，隨後通過解壓文件開始安裝。
可以選擇cmake方法進行安裝，首先確認cmake的可用性。進入解壓的文件夾，執行cmake --build .命令。該命令將生成liblammps.a和lmp文件。隨後，將LAMPS可執行文件安裝至系統中。
在安裝過程中，可能會遇到問題。例如，當嘗試使用pair_style eam時，可能會收到錯誤消息："Unrecognized pair style 'eam' is part of the MANYBODY package which is not enabled in this LAMMPS binary"。這通常表示所需的package未安裝。解決方法是進入lammps的src文件夾，並運行make package-status命令，以查看哪些package尚未安裝。
官方建議使用preset預設方案，其中包含了所需的所有package。此外，官方還提供了一個樣例來輔助理解安裝過程。
對於linux伺服器集群，可能需要調整配置以適應環境需求。若遇到相關問題，可以嘗試使用make方法安裝。該過程可能較為耗時，最終會生成可執行文件lmp_mpi。將此文件添加至環境變數中，即可在系統中使用。
驗證安裝是否成功，可以通過運行官方提供的樣例文件body進行。至此，LAMPS安裝過程完成。如有任何問題，歡迎提問，共同解決。
B. 使用make方法在linux伺服器上安裝lammps-2Aug2023
一、首先，下載FFTW、MPICH、LAMMPS的安裝包，並通過官網獲取。
解壓下載的安裝包到指定目錄，如/mnt/disk3/home/luh。
解壓後，目錄下將出現FFTW、MPICH、LAMMPS各自的安裝文件夾。
二、接著，安裝FFTW。確認LAMMPS的默認路徑為「/usr/local」，進行FFTW的安裝。通過運行命令驗證FFTW是否成功安裝。
三、安裝MPICH。執行相應測試命令以確保MPICH已正確安裝。
四、安裝LAMMPS。在安裝前，先檢查依賴包狀態。若狀態為「NO」，則需要設置為「YES」。使用sudo命令進行設置。然後編譯並行計算版本的可執行程序。若編譯成功，將生成「lmp_mpi」文件。
五、若遇到make mpi問題，可嘗試修改Makefile.mpi文件，以調整CC、LINK、MPI_INC、MPI_PATH、MPI_LIB、FFT_INC、FFT_PATH、FFT_LIB等參數，確保編譯成功。
六、最後，將LAMMPS安裝路徑添加至環境變數中，以方便後續使用。通過編輯.bashrc文件並更新PATH環境變數。
總結，上述步驟涵蓋了在Linux伺服器上安裝FFTW、MPICH、LAMMPS所需的全過程。遵循指引，即可順利完成安裝並驗證各個組件的正確性。
C. lammps該怎麼入門
1、如果對lammps是否可以做東西感到不確定，可以給作者寫信問一下。作者是個好人，一般都會回復。
2、lammps對linux系統沒有特別的要求，只有有g++都行。redhat，suse,ubuntu等，這些系統都能滿足需要。可能就是一些linux系統對新硬體支持不夠。ubuntu它對新硬體支持不錯。
3、確定使用lammps後，就要對他毫不懷毀兄信疑，不能自己動搖。因為在學習lammps的過程中你會遇到很多很多困難，但是堅持就是勝利！
4、開始自己做東西之前必須得啃掉手冊。可以先塵友通讀一遍，然後就自己感興趣的內容細細琢磨一遍。接著就是學習命令了，特別是對那些重點的命令，就得一個一個纖輪字地看，弄清楚這個命令中每個符號的含義。否則你自己編寫in文件的時候還得花費時間回頭看這些命令的用法。建議先把例子看懂，結合例子來學習手冊和命令。
5、多和別人討論，也許別人一句話就能讓你產生靈感。